La temporada de 1999 va ser la primera completa del SEAT Córdoba WRC en el Campionat del Món de Ral•lis. A mitjan curs, SEAT Sport va estrenar una evolució del prototip, el Córdoba WRC Evo 2, amb una imatge renovada d'acord amb el redisseny del model de sèrie. El Córdoba WRC E2 va aconseguir dos podis més per a SEAT en el mundial.

SEAT acabava d'aconseguir el seu primer podi en el Campionat del Món de Ral•lis en 22 anys, en el Ral•li de Nova Zelanda de 1999. Tanmateix, l'equip no parava de progressar i en la prova següent, a Finlàndia, va debutar el SEAT Córdoba WRC E2, una evolució del prototip que havia debutat feia exactament un any en aquesta mateixa prova.

El balanç no va poder ser més positiu: Harri Rovanperä va marcar el millor temps absolut en un dels trams -el segon escratx del Córdoba WRC en el mundial- i va acabar cinquè absolut, mentre que el seu company Toni Gardemeister es va classificar just rere seu, sisè. Per primera vegada, SEAT havia col•locat els dos Córdoba WRC en el top 6 d'un ral•li del mundial.

El SEAT Córdoba WRC E2 es distingia clarament del seu predecessor perquè reproduïa la renovada estètica del Córdoba de sèrie, que el maig de 1999 havia rebut un redisseny, amb un nou frontal amb fars redissenyats i presa d'aire dividida en tres obertures. De fet, el Córdoba WRC E2 va ser presentat en el Saló de Barcelona de 1999, al mateix temps que el restyling del Córdoba de sèrie.

Durant la mostra, el SEAT de ral•lis va obtenir el primer premi a les Millors Innovacions Tecnològiques del Sector de l'Automòbil, atorgat per la Societat de Tècnics d'Automoció i el Saló de l'Automòbil. El jurat va valorar especialment que el Córdoba WRC E2 era el primer vehicle de competició World Rally Car desenvolupat íntegrament per un fabricant europeu, utilitzant les últimes tecnologies de disseny, simulació i anàlisi.

L'E2 també muntava un nou aleró posterior i era lleugerament més llarg que l'E1, encara que la batalla no variava. Per la seva banda, el motor disposava d'un turbocompressor nou, amb una resposta més ràpida, i tots els diferencials eren actius (també el del darrere, mecànic en el Córdoba WRC E1). Alguns dels antics Córdoba WRC E1 van ser modificats a les noves especificacions E2.

La temporada de 1999 va prosseguir amb bons resultats, amb Rovanperä cinquè a la Xina i sisè a Austràlia. Finalment, en l'última prova de l'any, el Ral•li de Gran Bretanya, el pilot finlandès es va acomiadar en gran de SEAT amb una tercera posició, el segon podi de l'any del Córdoba WRC. El resultat consolidava el cinquè lloc de SEAT en el Campionat del Món, entre les set marques oficials participants. A més de Rovanperä i Gardemeister, Piero Liatti i Gwyndaf Evans també van pilotar el Córdoba WRC E2 en proves soltes.

La progressió de SEAT en el Campionat del Món de Ral•lis va continuar en el 2000, amb el fitxatge de l'excampió del món de 1994 Didier Auriol com a company de Gardemeister (Salvador Cañellas jr. també va pilotar un tercer Córdoba WRC E2 en el Ral•li de Catalunya). Després d'una magnífica quarta posició de Gardemeister en el Ral•li de Montecarlo, en el Ral•li Safari de Kenya el Córdoba WRC E2 havia de protagonitzar la que cal considerar l'actuació més competitiva de SEAT en el Campionat del Món.

En el Safari, Auriol va ser el més ràpid en la primera secció del ral•li. Per tant, SEAT liderava la classificació absoluta d'una prova del Campionat del Món per primera vegada en la seva història. El pilot francès es va mantenir en posicions de podi al llarg de tot el ral•li i va arribar tercer a Nairobi, després de 2.691 quilòmetres de recorregut, dels quals 1.047 eren cronometrats. El Córdoba WRC E2 havia demostrat la seva competitivitat i fiabilitat en la prova que era considerada com la més dura del mundial.

SEAT HISTÓRICOS conserva en la Col•lecció el mateix xassís amb el qual Auriol va ser tercer en el Ral•li Safari del 2000, el 14è dels 20 Córdoba WRC construïts. Aquest prototip es conserva tal com va competir en la prova africana, que exigia unes modificacions que el distingeixen clarament de la resta de Córdobas WRC. Així, el cotxe del Safari munta un snorkel en el capó davanter per a garantir l'admissió d'aire en cas d’haver de travessar un riu i un voluminós escut protector en el frontal, a més de suspensions de gran recorregut i una carrosseria reforçada. També disposa de dues rodes de recanvi i un dipòsit de combustible auxiliar de 35 litres.

El SEAT Córdoba WRC E2 va continuar competint durant la temporada 2000 fins al Ral•li de Nova Zelanda. En la prova següent, novament a Finlàndia, va debutar el Córdoba WRC E3, l'última evolució del vehicle dissenyat per SEAT Sport en col•laboració amb el Centre Tècnic de SEAT a Martorell.