El Córdoba, el derivat de tres volums de l'Ibiza, va rebre la segona generació a la darreria del 2002, tot lluint l'atractiva imatge del nou Ibiza. El nou Córdoba posava èmfasi en el disseny i el caràcter esportiu, en una proposta més familiar i versàtil que l'Ibiza.

El primer Córdoba, presentat el setembre del 1993, havia estat la versió de 4 portes i maleter separat de l'Ibiza II. Quan va aparèixer la tercera generació de l'Ibiza, el desembre del 2001, va començar el compte enrere per a un nou Córdoba, que es va presentar en el Saló de París del 2002, també el mes de setembre.

Igual que l'Ibiza, el Córdoba II era un pas més en l'aposta de SEAT per l'esportivitat i el disseny, conceptes que havien avançat els concept-cars Salsa i Tango, i que ja s'havien concretat en el nou Ibiza. Tots responien a la nova filosofia del departament de disseny de SEAT, sota la direcció del prestigiós Walter de Silva.

Les formes compactes i el frontal expressiu i suggeridor que compartia amb l'Ibiza, així com un perfil molt aerodinàmic, transmetien força, caràcter i personalitat. El nou Córdoba millorava en estètica, en confort, seguretat i eficiència.

Com l'Ibiza, destacava pel seu bon comportament, puix que també incorporava el nou concepte de Xassís Àgil, desenvolupat en el Centre Tècnic de Martorell sota la batuta de l'enginyer Jaume Xifré (l’artífex dels xassissos Selex de la Fórmula SEAT 1430 dels anys 70) i ja utilitzat en el León CUPRA R, a més de l'Ibiza III. Tanmateix, el Córdoba tenia una orientació més familiar que el seu germà, l'Ibiza.

Això es notava especialment en la gamma de motors, atès que el Córdoba prescindia de les versions més potents, al contrari de la primera generació, que fins i tot va tenir versions CUPRA. Així, en gasolina hi havia dues variants de l'1.4 16v, amb 75 CV i 100. En dièsel, les opcions eren tres: 1.9 SDI, de 64 CV, i 1.9 TDI, en variants de 100 CV i 130. En alguns mercats d'exportació, també estava disponible un 1.2 16v de gasolina, de 64 CV.

Així, el Córdoba més potent era el TDI 130, acoblat a una caixa de canvis manual de 6 marxes. I ho va continuar essent quan, en el Saló de Barcelona del 2003, va aparèixer el 2.0 atmosfèric de gasolina, de 115 CV, disponible també en l'Ibiza i, en tots dos, en combinació amb l'acabat Sport. Poc abans, el Córdoba havia rebut també una variant de 75 CV del motor 1.9 TDI.

El que no canviava en el nou Córdoba era la seva gran versatilitat. Amb 11 centímetres més de llargària que el Córdoba I, mesurava 4,28 metres i guanyava 30 litres més de capacitat en el maleter. Ara el Córdoba arribava als 485 litres i, sobretot, oferia una boca de càrrega força més àmplia, amb la possibilitat d'abatre els respatllers dels seients posteriors.

El Córdoba feia palès el seu enfocament familiar amb detalls com ara un dispositiu per a desconnectar el coixí d’aire del passatger en l'acabat Signa, un element molt recomanable per motius de seguretat si es pretén col•locar una cadireta infantil en el seient de l'acompanyant. Com calia esperar, el Córdoba també disposava d'ancoratges Isofix per a la instal•lació de cadiretes infantils en els seients del darrere.

Altres elements de seguretat eren l'ABS de sèrie en tota la gamma, l’ESP (tret de l’SDI) i el coixí d’aire per al cap en opció. De sèrie, tots els Córdoba tenien dos coixins d’aire frontals, i els acabats Sport i Signa també muntaven de sèrie els coixins d’aire laterals (opcionals en l’Stella).

L’Sport afegia llantes d'aliatge de 15 polzades, suspensió esportiva, retrovisors exteriors regulables elèctricament i calefactats, fars antiboira, ordinador de viatge, ràdio lector CD amb 6 altaveus, volant i pom del canvi de cuir i TCS (control de tracció, en el TDI 130). El Signa oferia un equipament similar a l’Sport, però més enfocat al luxe. En opció es podia disposar de llums de xenó, sistema de navegació, control de creuer, eixugaparabrisa activat per sensor de pluja o preinstal•lació de telèfon.

La tardor del 2006, el Córdoba va rebre un redisseny, en paral•lel amb l'Ibiza III, que va actualitzar-ne el disseny interior i exterior. El 2008 va aparèixer la quarta generació de l'Ibiza, i el Córdoba II va deixar de fabricar-se la tardor del 2009. L'Ibiza IV no havia de tenir un derivat de 4 portes, però sí una versió familiar ST, hereva d'aquell Córdoba Vario de la primera generació.